截至2017年11月，上海海洋大學下設15個學院（部），設置39個本科專業及方向。專業包括：環境科學、生物技術、生物科學、生物科學（海洋生物）、水族科學與技術、水生動物醫學、動物科學、水產養殖學、園林、海洋漁業科學與技術、環境工程、海洋技術、海洋技術（海洋測繪）、海洋科學（海洋管理）。