過氧乙酸主要用作紙張、石蠟、木材、織物、油脂、淀粉的漂白劑。醫藥工業用作飲水、食品和防止傳染病的消毒劑。有機工業用作制造環氧丙烷、甘油、己內酰胺的氧化劑和環氧化劑。塑料工業用于制造環氧樹脂和增塑劑。分析化學中用作化學試劑。此外，還可用作防腐劑等。