學校始建于1951年，前身是西南區川南醫士學校，1959年升格為瀘州醫學專科學校，1978年升格為本科院校并更名為瀘州醫學院，1982年獲得學士學位授予權，1993年成為碩士學位授予單位，2001年開始聯合培養博士，2004年起開展留學本科生學歷教育，2010年獲準設立博士后科研工作站，2015年更名為西南醫科大學。學校是推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀碩士研究生資格單位，是四川省依法治校示范學校、四川省文明校園、四川省高等學校教育信息化示范學校。2014年被列入四川省新增博士學位授予單位立項建設規劃，2016年被列入立項建設單位。