兩者的創辦者不同：
民辦的本科高校由民辦企業事業組織、社會團體及其他社會組織和公民個人創辦。
公辦的本科高校由國家政府部門創辦。
兩者的學費不同：
民辦的本科高校的學費是公辦的本科高校的三到四倍。
公辦的本科高校的費用相對民辦而言是比較少的。