學校建于2001年，前身為北京師范大學珠海教育園區（也稱北京師范大學珠海校區），2003年7月更為現名。

　　按教育部教發函[2019]14號文件，北京師范大學珠海分校將從2019年起逐年調減招生計劃，于2021年停止招生，2024年終止辦學。北京師范大學將在廣東省政府、珠海市政府的支持下，利用北京師范大學珠海分校以及已協議收回的北京師范大學—香港浸會大學聯合國際學院的用地、校舍建設北京師范大學珠海校區。